Research Team

Current Team

PhD Students

  • Joana Valente, Doutoramento em Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa, Co-Supervision with Helena Aidos, Ciências, ULisboa (início em Março 2023)
  • Ruben Branco, Doutoramento em Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa, Co-Supervision with Piero Fariselli, UNITO, Torino, Itália  (início em Outubro 2022, bolsa FCT)
  • Eleonora Auletta, Doutoramento em Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa, Co-Supervision with Barbara, UNIPD, Padova, Itália  (início em Outubro 2022, bolsa FCT)
  • Eduardo Castanho, Doutoramento em Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa (início em Março 2021, bolsa FCT)
  • Miguel Silva, Doutoramento em Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa (início em Março 2021, Co-Supervision with Rui Henriques, Técnico-ULisboa  (início em Março 2021, bolsa FCT)
  • Diogo Soares, Doutoramento em Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa (início em Outubro 2020, bolsa FCT)
  • Marco Pinheiro,  “Short-Term Electric Load Forecasting”, PhD Program in Computer Science and Engineering (DEIC), IST, ULisboa; Supervisor, Co-supervisor: Alexandre Francisco, IST.  (September 2015, THESIS AT EDP) – interrupted studies in 2017 – resumed in 2021.
  • Luís Garcez, Doutoramento Estatística e Investigação Operacional, Faculdade de Ciências, ULisboa; Co-Supervision with Helena Mourinho, DEIO, FCUL (início em Outubro 2020)
  • Ricardo Galante, Doutoramento Estatística e Investigação Operacional, Faculdade de Ciências, ULisboa; Co-Supervisor; Supervisor: Teresa Alpuim, DEIO, FCUL. (início em Fevereiro 2020, THESIS AT SAS)
  • André Gomes, Doutoramento em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, IST, ULisboa; Co-Supervisor; Supervisor: Mário Figueiredo, IST, ULisboa (início em Janeiro 2020, bolsa FCT)

Hired Researchers

  • Andreia Martins, MSc (EU project BRAINTEASER)

MSc StudentS

—

  • Pedro Ferreira, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Joana Gonçalves, TUDelft. (2020/21) – interrupted studies
  • António Soares,  Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Miguel Nogueira, Instituto don Luis,  Faculdade de Ciências, ULisboa. (2020/21) – interrupted studies

Past Team

Postdocs

Hired Researchers

PhD Theses

  • Telma Pereira, “Prognostic models targeting time to conversion, stable predictors, and reliability at patient-level: Predicting progression from mild cognitive impairment to dementia“, PhD Program in Biomedical Engineering, IST, ULisboa; Supervisor, Co-supervisor: Manuela Guerreiro, IMM/FMUL.  (July 2019)(Pass with Distinction at IST, FCT grant)
  • André V. Carreiro, “An integrative mining approach to unravel prognostic markers in neurodegenerative diseases“, PhD Program in Biomedical Engineering, IST, ULisboa; Supervisor, Co-supervisor: Mamede de Carvalho, IMM/FMUL.  (June 2016 )(Pass with Distinction at IST, FCT grant)
  • Rui Henriques, “Learning from High-Dimensional Data using Local Descriptive Models”, PhD Program in Computer Science and Engineering (DEIC), IST, ULisboa; Supervisor.  (January 2016) (Pass with Distinction and Honour at IST, Best PhD student award at INESC-ID in 2016, Nominated for Prémio Abreu Faro, FCT grant)
  • Joana P. Gonçalves, “Integrative mining of gene regulation and its perturbations“, PhD Program in Computer Science and Engineering (DEIC), IST, Technical University of Lisbon; Supervisor; Co-supervisor: Prof. Yves Moreau, KULeuven.  (January 2013) (Pass with Distinction and Honour at IST, Best PhD student award at INESC-ID in 2012, Nominated for Prémio Abreu Faro, FCT grant)

—-

  • Alexandre Santos, Doutoramento Estatística e Investigação Operacional, Faculdade de Ciências, ULisboa; Co-Supervisor; Supervisor: Teresa Alpuim, DEIO, FCUL. (September 2019, THESIS AT MULTICARE) – interrupted studies in September 2020.
  • Francisco Ferreira, PhD Program in Biomedical Engineering, IST, ULisboa Supervisor, Co-supervisor: Alexandre de Mendonça, IMM/FMUL.  (Sep 2016 – Sep 2017, FCT grant) – interrupted studies in October 2017.

MSc Theses

  • Lucas Barreto, “Deep Learning for Predicting Disease Progression of Clinical Endpoints in ALS“, Mestrado em Engenharia Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Nuno Cruz Garcia, Ciências, ULisboa (2021/2022, Concluded in April 2023)
  • Joana Valente, “Relapse Prediction in Multiple Sclerosis: a Supervised Learning Approach“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Helena Aidos, Ciências, ULisboa (2021/2022, Concluded in March 2023)
  • Afonso Garcia,  “Modelo preditivo para a aquisição do produto Solar da EDP Comercial“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Helena Aidos, Ciências, ULisboa. (2019/2020, Concluded in January 2023)
  • Mariana Lourenço Costa, “Plataforma de apoio a utentes e profissionais de desporto e nutrição“, Mestrado em Engenharia Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa; Co-Supervisor: Nuno Cruz Garcia, Ciências, ULisboa (Responsible at Xpand IT: João Pedro Gomes). (2020/21, Concluded in October 2022)
  • António Antunes Dias,  “Better Science Through an Enhanced User Interface with the ALMA Archive“, Mestrado em Engenharia Informática, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Israel Matute, Institute of Astrophysics and Space Sciences, Observatório Astronómico de Lisboa, Ciências, ULisboa (2019/2020, Concluded in September 2022)
  • Pedro Domingues, “Prognostic prediction models using Self-Attention for ICU patients developing acute kidney injury”, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Nuno Cruz Garcia, Ciências, ULisboa (2019/2020, Concluded in March 2022)
  • Pedro Cotovio, “Towards Reinforcement Learning based N-­Clustering“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: André Carreiro, Fraunhofer-AICOS. (2020/21, Concluded in March 2022)
  • João Castanheira, “Characterization of Behavioural Patterns of Portuguese Blood Donors using Supervised and Unsupervised Learning”, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Pedro Monteiro, IST, ULisboa. (2020/21, Concluded in February 2022)
  • Óscar San José Rodríguez, “Toolkit for differential analysis of microbiome data”, International Master in Bioinformatics, Department of Pharmacy and Biotechnology, Università di Bologna, Italia (UNIBO).  Co-Supervisor; Supervisor: Pier Luigi Martelli (UNIBO), Co-Supervisor: Giulia Babbi (UNIBO). (2020/21, Concluded in February 2022)
  • Alessandro Caula, “Identifying subtypes of Mild Cognitive Impairment due to Alzheimer’s disease in cerebrospinal fluid proteomics: a Machine Learning approach”, International Master in Bioinformatics, Department of Pharmacy and Biotechnology, Università di Bologna, Italia (UNIBO).  Co-Supervisor; Supervisor: Pietro Di Lena (UNIBO), Co-Supervisor: Helena Aidos (FCUL). (2020/21, Concluded in February 2022)
  • Maria Lua Nunes, “Quantifying the Ergonomic Risk and Biomechanical Exposure in Automobile Assembly Lines”, Mestrado em Engenharia Biomédica e Biofísica, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: André Carreiro, Fraunhofer-AICOS. (2020/21, Concluded in December 2021)
  • Francisco Lopes, “Unravelling Patterns from a Blood Donation Data Set using Machine Learning Approaches“, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores, IST, ULisboa. Co-Supervisor: Pedro Monteiro, IST, ULisboa. (2020/21, Concluded in November 2021)
  • Eleonora Auletta, “Data-Driven Approaches for ALS Patient Stratification using Clinical Profiles”, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores, IST, ULisboa; Co-Supervisor: Cláudia Antunes, IST, ULisboa. (2020/21, Concluded in October 2021)
  • Andreia Martins, “Learning models using disease progression patterns for prognostic prediction in ALS“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa.  (2019/2020, Concluded in July 2021)
  • Adriano Mão de Ferro, “Aprendizagem automática para classificar a cobertura do solo em espaços verdes urbanos através de dados de satélite“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa. Co-Supervisor: Pedro Ferreira, Ciências, ULisboa. (2019/2020, Concluded in March 2021)
  • Tiago Leão, “Profiling ALS disease progression through data mining techniques”, Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, IST, ULisboa. Co-Supervisor: Alexandra Carvalho IST, ULisboa. (2019/20, Concluded in December 2020)
  • Patricia Falcão, “Predicting post-surgical length of stay using machine learning“, Mestrado Integrado de Engenharia Biomédica e Biofísica, University of Lisbon; Co-Supervisor: Nuno André Silva, HLUZ-LEARNING HEALTH.  (2019/2020, Concluded in December 2020)
  • Miguel Garção Silva, “User-Specific Bicluster-based Collaborative Filtering“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa.  (2019/2020, Concluded in December 2020)
  • Eduardo Castanho, “Biclustering fMRI Time Series“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa.  (2019/2020, Concluded in December 2020)
  • João Lobo, “G-Tric: enhancing triclustering evaluation using three-way synthetic datasets with ground truths“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa.  (2019/2020, Concluded in December 2020)
  • Tiago Leão, “Profiling ALS disease progression through data mining techniques”, Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, IST, ULisboa. Co-Supervisor: Alexandra Carvalho, IT/IST. (2019/2020, Concluded in December 2020)
  • Diogo Soares, “Learning Predictive Models from Temporal Three-way Data using Triclustering: Applications in Clinical Data Analysis“, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, ULisboa.  (2019/2020, Concluded in November 2020)
  • Ana Catarina Pelicano, “Modelling the head and neck region for microwave imaging of cervical lymph nodes”, Mestrado Integrado de Engenharia Biomédica e Biofísica, University of Lisbon; Co-Supervisor: Raquel Conceição, FCUL.  (2018/2019, Concluded in January 2020)
  • Joana Matos, “Biclustering Electronic Health Records to Unravel Disease Presentation Patterns”, Mestrado em Ciência de Dados, Faculdade de Ciências, University of Lisbon. (2018/2019, Concluded in November 2019)
  • David Carriço , “Understanding ALS Patients using Semantic Similarity”, Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, Faculdade de Ciências, University of Lisbon; Co-supervisor: Cátia Pesquita, FCUL (2018/2019, Concluded in October 2019)
  • Sofia Pires, “A Supervised Learning Approach for Prognostic Prediction in ALS using Disease Progression Groups and Patient Profiles”, Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, Faculdade de Ciências, University of Lisbon. (2017/2018, Concluded in December 2018)
  • Lino Fernandes, “From ALS patient stratification towards prognostic using disease progression patterns”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon; Co-Supervisor: Alexandre Francisco, IST. (2016/2017 – Concluded in November 2017)
  • Rita Levy, “Predicting conversion from mild cognitive impairment to Alzheimer’s Disease using a temporal mining approach”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon.   (2016/17,  Concluded in December 2016)
  • Ana Rita Pereira, “Predicting conversion from mild cognitive impairment to Alzheimer’s Disease using ensemble learning“, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores (MEIC), Instituto Superior Técnico, University of Lisbon.  (2015/16,  Concluded in May 2016)
  • Tiago Pedreira, “Effect of alterations in non-coding regions in genomic expression reprogramming of two Candida glabrata clinical isolates”, Mestrado em Engenharia Biológica, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon; Co-Supervisor: Nuno Mira, IST  (2014/15,  Concluded in December 2015)
  • Carolina Nunes, “Towards the identification of biomarker-genes for the diagnosis of invasive candidemia caused by Candida glabrata”, Mestrado em Engenharia Biológica, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon, Co-supervisor: Nuno Mira, IST.  (2014/15,  Concluded in July 2015)
  • Ricardo Filipe, “Predicting the conversion from Mild Cognitive Impairment to Alzheimer’s disease using disease staging: A case study in ADNI data”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon; Co-supervisor: Alexandre Mendonça, IMM/FMUL. (2014/15,  Concluded in June 2015)
  • Inês Nolasco, “Biclustering-based imputation in longitudinal data”, Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-Supervisor: Alexandra Carvalho, IT/IST.  (2014/15,  Concluded in May 2015)
  • Andreia Ferreira, “Predicting the Conversion from Mild Cognitive Impairment (MCI) to Alzheimer´s Disease using Evolution Patterns“, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon; Co-supervisor: Alexandre Mendonça, IMM/FMUL.  (2013/14,  Concluded in December 2014)
  • José dos Reis, “Prognostic prediction in patients with Amyotrophic Lateral Sclerosis using probabilistic graphical models”, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon; Co-supervisor: Alexandra Carvalho, IT/IST.  (2013/14,  Concluded in November 2014)
  • André do Vale, “A Biclustering Approach to Educational Data mining”, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores, Instituto Superior Técnico, University of Lisbon; Co-supervisor: Cláudia Antunes, IST. (2013/14,  Concluded in November 2014)
  • Telma Pereira, “A data mining approach to study disease presentation patterns in Primary Progressive Aphasia”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-Supervisor: Manuela Guerreiro, IMM/FMUL.  (2012/13,  Concluded in December 2013)
  • Bruno Santos, “A study on gene-disease relations in the context of neurodegenerative diseases”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-supervisor: Alexandre P. Francisco, IST/INESC-ID .  (2011/12,  Concluded in December 2012)
  • Cecília Nunes, “Learning from Imbalanced Neuropsychological Data”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-supervisor: Alexandra Carvalho, IST/IT.  (2011/12,  Concluded in December 2012)
  • Mafalda Gonçalves, “Unravelling regulatory modules in Amyotrophic Lateral Sclerosis”, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica, Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-supervisor: Alexandre P. Francisco, IST/INESC-ID .  (2011/12,  Concluded in October 2012)
  • Luís Lemos, “A data mining approach to predict conversion from mild cognitive impairment to Alzheimer’s Disease”, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores (MEIC), Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon;  Co-supervisor: Pedro Tomás, IST/INESC-ID. (2011/12,  Concluded in October 2012)
  • Pedro Amaral, “Prognostic prediction in patients with Amyotrophic Lateral Sclerosis using data mining techniques”, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores (MEIC), Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-supervisor: Pedro Tomás, IST/INESC-ID. (2011/12,  Concluded in October 2012)
  • Marco Custódio, “Information and knowledge discovery system for medical data management and analysis”, Mestrado em Engenharia Informática e de Computadores (MEIC), Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon;  Co-supervisor: Alexandre P. Francisco, IST/INESC-ID .  (2011/12,  Concluded in October 2012)
  • Bimal Babu Upadhyaya, “Integration of Genomics and Transcriptomics: Analysis of Streptococcus pneumoniae wild-type and DeltaccpA Strains”, Erasmus Mundus Master’s Programme in Systems Biology (euSYSBIO), Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-supervisor: Susana Vinga, INESC-ID.  (2011/12,  Concluded in July 2012)
  • André Carreiro, ” Classification of clinical expression time series: A case study in patients with multiple sclerosis.“, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica (MEBiom), Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon; Co-supervisor: João A. Carriço, FMUL/IMM.  (2009/10,  Concluded in November 2010)
  • Ricardo Aires, ” Visual analysis of regulatory networks“, Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica (MEBiom), Instituto Superior Técnico, Technical University of Lisbon;  Co-supervisor: Alexandre P. Francisco, IST/INESC-ID & João A. Carriço, FMUL/IMM.  (2009/10, Concluded in November 2010)

Graduation Theses

  • Rui Gabriel Raposo, “Classification of Gene Expression Time Series of Multiple Sclerosis Patients’ Response  to Interferon-β”, Licenciatura em Engenharia Informática, University of Beira Interior, Faculty of Engineering.  (2008/09)
  • Paula Martins Antunes, ” Identification of Regulatory Modules using Multiple Time Series Gene Expression Matrices“, Licenciatura em Ciências Biomédicas, University of Beira Interior, Faculty of Health Sciences  (2007/08)
  • Ana Isabel Rodrigues, ” Identification of Temporal Patterns in Electrocardiogram (ECG) Data”, Licenciatura em Ciências Biomédicas, University of Beira Interior, Faculty of Health Sciences (2007/08)
  • David Soares da Conceição, ” Discovering Temporal Patterns of Brain Activity using Electroencephalograph (EEG) Data“, Licenciatura em Ciências Biomédicas, University of Beira Interior, Faculty of Health Sciences (2007/08)
  • Joana Pinho Gonçalves, ” BiGGEsTS: Biclustering Gene Expression Time Series“, Licenciatura em Engenharia Informática, University of Beira Interior, Faculty of Engineering   –  Project winner of the TLeIA 2007 award sponsored by the Portuguese Association for Artificial Intelligence (APPIA).  (2006/07)
  • Joel M. F. Costa, “Finding Optimal Storage Solutions for Industrial Warehouses”, Licenciatura em Matemática-Informática, University of Beira Interior,  Co-supervisor: Prof. Gael Dias, UBI.   (2004/05)
  • Hugo Veiga, “WebSpy: Software for Web Content Mining”, Licenciatura em Matemática-Informática, University of Beira Interior,  Co-supervisor: Prof. Gael Dia, UBI. (2003/04)
Advertisement